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飯島の歌手デビューのきっかけとなり、今日まで関係の深い『超時空要塞マクロス』であるが、劇場版公開後には一部のファンとの間に悲しい行き違いが生じている。本人はアニメ分野での貴重な経験を活かし、音楽界でシンガーソングライターとして自立することを目指していたが、一部ファンは現実の彼女にもリン・ミンメイ像を投射し、コンサートでもミンメイの曲を歌って欲しいと願った。また、作中でリン・ミンメイがやや自己中心的なキャラクターだったことも、同一視される傾向に影響していた。このため、飯島は意識的にマクロス関連から距離を置き、久しくシリーズの続編や企画に関わることを止めていた（これは飯島の周囲のスタッフ陣も気を遣ったという）。

その後、米国で個人活動を始めた後は、現地ファンのマクロス支持熱に驚き、かつてのかけがえのない経験に誇りを持ち、徐々にわだかまりを解くようになる。1990年代半ばからマクロス関連イベントやゲーム制作に関わり、1995年には続編『マクロス7』でヒロイン、ミレーヌ・ジーナス役を演じた桜井智に楽曲を提供。1997年にはマクロス放送15周年企画のひとつとして、ミンメイ（飯島）とミレーヌ（桜井）のデュエットシングル『Friends～時空を越えて～』を制作し、ゲーム『MACROSS DIGITAL MISSION VF-X』では主題歌『Only You』や挿入BGMを作曲した（主題歌は歌詞も担当）。

マクロスの主人公一条輝役の声優長谷有洋とは共演後も姉弟のように仲がよく、家族ぐるみで親交を深めていたが、1996年、長谷が不慮の死を遂げた直後に行われたライブでは、アンコールで長谷への追悼の意をこめた楽曲を歌った（このうち長谷への追悼曲『忘れない』は今もアルバム未収録曲である）。

また、マクロスでの自身の代表曲となった『愛・おぼえていますか』を1993年発表の『The Classics』で、『天使の絵の具』を1995年発表の『Best of the Best』でリメイクしている。2002年には、マクロス放送20周年企画のひとつとして『Mari Iijima sings Lynn Minmay』を発表。ミンメイの楽曲をセルフカヴァーし、ミンメイの心境を思い描いた新曲『Why?』を加えた。

2006年、米国で発売開始された英語吹替版DVD『Super Dimension Fortress MACROSS』では、22年ぶりにリン・ミンメイの声当て（すべて英語吹き替え）を担当することになった。日本原作アニメの声優が、海外版で同一キャラクターを演じるのは史上初の試みであり、現地在住歴の長い飯島ならではの仕事といえる。